Vom Kuppelraum gelangt der Besucher in das reich stuckierte Langhaus, das Johann Georg Möhrlein um 1720 stuckierte. Der Weg nach vorne wird jetzt durch wichtige liturgische Ausstattungselemente gegliedert: So führen Bibelpult (Dr. Jürgen Lenssen), Osterkerzenleuchter (Herbert Mehler) und Taufstein (Dr. Jürgen Lenssen) geradewegs auf das Zentrum des Raumes zu – den Altar im Chorraum. Bereits die barocke Konzeption verfolgte das Ziel, den Blick des Gläubigen auf die Apsis zu lenken. Die soghafte Raumwirkung wurde noch verstärkt durch acht Gemälde über den Mittelschiffarkaden. Ursprünglich enthielten die barocken Stuckrahmen Passionsbilder von Johann Baptist Zimmermann, die jedoch 1945 bis auf zwei zerstört wurden. Mit der Neugestaltung wurde deshalb der Künstler Thomas Lange beauftragt, der acht Gemälde mit Schlüsselszenen aus dem Leben Jesu aus dem Johannes-Evangelium geschaffen hat. Langes Ziel waren „moderne Werke, die das Alte respektieren". Neben der jeweiligen Bibelszene wollen die Gemälde aber vor allem einen übergeordneten Glaubensinhalt vermitteln.
Viel Zeit nehmen sollte man sich auch für die reiche Ausmalung der Deckengewölbe: Die Fresken verschiedener Meister zeigen unter anderem die Erschaffung Adams, die Auferstehung und Himmelfahrt Christi und die Auferweckung des Lazarus. Im Chorbogen selbst hat das Echthaarkruzifix aus der Zeit um 1470 wieder seinen Platz gefunden und fokussiert so einmal mehr das Zentrum des Gotteshauses.
Der eigentliche Altarraum wurde ebenfalls vom Bau- und Kunstreferenten der Diözese Würzburg neu gestaltet und mit Altar, Ambo, Standkreuz, Sedilien, Altarkreuz, Leuchter, Konsolen und Bänken ausgestattet. Dahinter thronen eindrucksvoll die Büsten der drei Frankenapostel, die Heinz Schiestl 1910 nach Riemenschneider-Originalen kopiert hat. Die Originale wurden 1945 zerstört. Die Darstellungen der drei Glaubenszeugen lenken den Blick weiter hinauf in die Apsis, wo der imposante Hochchor (1778) von Johann Georg Winterstein steht. Das Altarblatt zeigt den Kirchenpatron in visionärer Schau auf der Insel Patmos, darüber schwebt beherrschend die apokalyptische Frau, die vor allem in den Morgenstunden durch eine raffinierte Führung des Sonnenlichts mystisch von hinten beleuchtet wird. Am höchsten Punkt, im Deckenfresko, ist schließlich die Anbetung des Lammes zu sehen.
Die Wände der beiden Seitenschiffe schmücken seit der jüngsten Renovierung fünf Gemälde der „Sieben Fälle Jesu" und ein Ölberg aus dem Kapuzinerkloster Kitzingen (um 1650). Zu den Bronze-Epitaphien und Grabmälern aus verschiedenen Jahrhunderten gesellen sich Denkmale für weitere Glaubenszeugen aus dem Bistum: An der nördlichen Seitenschiff-Rückwand (links) trägt ein stilisierter Lebensbaum (Lothar Forster 1988) einen Schrein mit Heiligenreliquien sowie zwei fränkische Plastiken der Heiligen Burkard und Bonifatius. Das südliche Pendant (rechts) ist dem Andenken von Bischof Adalbero gewidmet: Die Plastik stammt von Ernst Singer (1990), das Epitaph von Peter Lorenz Emmert (1990), der Adalbero-Schrein von Dr. Jürgen Lenssen.
Die beiden Seitenaltäre hinter dem Chorgestühl thematisieren die Gottesmutter Maria (rechts) und die Apostel (links). Der thronenden Madonna aus der Zeit um 1470/80 steht eine Augsburger Silbermadonna gegenüber, die 1701 von einem Kanoniker gestiftet wurde. Großflächige, zeitgenössische Werke von Hann Trier an den Chorgestühl-Rückwänden sorgen für die nötige Spannung und leiten gekonnt zu den barocken Deckengemälden über.