Die „Gelchsheimer Kappel", wie das Kirchlein bei den Einheimischen heißt, geht zurück auf die Wieskirche bei Steingaden. Dort, im so genannten Pfaffenwinkel, hatte am 14. Juni 1738 die Bäuerin Maria Lory in den Augen einer Figur des „Gegeißelten Heilands" einige Tropfen gesehen, die sie für Tränen hielt. Das Tränenwunder sprach sich herum, und alsbald führten erste Wallfahrten zum Bildnis des Heilands. Nach einer ersten kleinen Feldkapelle wurde schon bald ein größerer, umso prächtigerer Bau nötig, den man 1745 unter der Leitung der Brüder Johann Baptist und Dominikus Zimmermann begann und der 1754 fertiggestellt wurde.
Auch in Franken sprach sich das oberbayrische Tränenwunder herum. So unternahm – laut einem Bericht von H.H. Pfarrer Schüppert – auch der aus Gelchsheim stammende Gastwirt Michael Öchsner bereits im Jahr 1749 eine Wallfahrt zur Wieskirche bei Steingaden. Obwohl der Kirchenbau noch nicht einmal fertiggestellt war, kehrte Öchsner hochbegeistert in seine fränkische Heimat zurück und ließ 1750 von einem Ochsenfurter Bildhauer eine Nachbildung des Wiesheilands anfertigen. Diese ließ er gemeinsam mit seiner Frau Anna Barbara am 6. September 1750 am Ort der heutigen Kapelle mit kirchlichem Segen aufstellen.
Baumeister aus Wien
Rasch stellte sich reger Zulauf ein, der Wunsch nach einem festen Gebäude zur Verehrung des Geißel-Heilands wurde laut. Trotz erster Vorbehalte der bischöflichen Behörde und des Deutschen Ordens in Mergentheim wurde 1754 der Bau einer Kapelle genehmigt. Treibende Kraft für das Unternehmen war der ortsansässige Deutschordensamtmann Georg Matthäus Agricola. Baumeister der Kapelle wurde der Baudirektor der Deutschherrn Franz Joseph Roth: 1690 in Wien geboren, arbeitete dieser nahezu 40 Jahre lang als Stuckateur, Architekt und Baumeister beim Deutschen Orden. Neben stattlichen Bürgerhäusern stammen auch zahlreiche Kirchen von ihm, so zum Beispiel die Pfarrkirche St. Georg und die Maria-Hilf-Kapelle in Ellingen und die Schlosskirche in Bad Mergentheim. Im Alter von 68 Jahren starb Roth 1758 in Gelchsheim, so dass die Kapelle zum gegeißelten Heiland eines des letzten Werke des Deutschordenbaudirektors wurde. Im Frühjahr 1754 begonnen, wurde der Bau bereits 1757 vollendet. Der ursprüngliche Plan, der Kapelle ein Kapuziner-Hospiz anzugliedern, wurde 1756 aufgegeben.
Trotz anfänglicher Beliebtheit verlor der Wallfahrtsort gegen Ende des 19. Jahrhunderts nach und nach an Bedeutung. Obwohl die Kapelle bis zum Ersten Weltkrieg noch als Wallfahrtsort bekannt war, verkam das Kirchlein in den nachfolgenden Jahrzehnten. Erst 1980 ergriff Pfarrer Lothar Brunnquell die Initiative und ließ es renovieren. Heute wird die Kapelle in erster Linie als Friedhofskapelle genutzt.