Geschichtlich trat Fährbrück erstmals im 12. Jahrhundert in Erscheinung, nämlich als 1164 ein Ritter von Wickershausen seine Besitzungen dem Benediktinerkloster Neustadt am Main schenkte. Die Benediktiner erbauten dort eine Kapelle, die als erste Pfarrkirche diente und die sie unter den Schutz der Gottesmutter stellten. Mindestens ebenso wichtig war den Ordensmännern die Verehrung des Benediktiner-Heiligen Papst Gregor des Großen, der alsbald zum eigentlichen Kirchenpatron wurde.
Bereits in dieser Zeit wird auch vom Gregoriusstein berichtet, aus dem schon die Heiligen Gregor und Kilian getauft haben sollen. Die Herkunft des Steines führt man auf einen germanischen Opferstein zurück, der auf dem nahen Eichelberg gestanden haben soll. Den Benediktinern könnte er als Taufstein gedient haben. Bald wurde der Stein zum Ziel zahlreicher Gläubiger, die das sich dort sammelnde Regenwasser als heilkräftig verehrten. Zudem soll der zylindrische Stein mit einem halbkugelförmigen Becken immer wieder auf wunderbare Weise Wasser ausgeschwitzt haben. Eine andere Volkssage erzählt, dass 16 Pferde den Stein nicht verrücken konnten, als er in die neue Pfarrkirche nach Bergtheim geschafft werden sollte. Bei einem zweiten Versuch konnte man den Stein nur bis zur Flurgrenze von Hausen bewegen, ab da gingen die Pferde keinen Schritt weiter. Am nächsten Morgen befand er sich wieder an der alten Stelle.
1414 verließen die Benediktiner Fährbrück. Während der Reformation und der Bauernkriege wurde die Kirche zwar völlig zerstört, doch die Wallfahrt zum Gregoriusstein ließ nicht nach. Um 1590 war von nächtlichen Lichterscheinungen und Glockengeläut die Rede. Ganz im Gegensatz zu vielen anderen Orten schien der Fürstbischof und Gegenreformator Julius Echter von Mespelbrunn für Fährbrück wenig übrig gehabt zu haben: Denn anstatt die zerstörte Wallfahrtskirche wieder aufzubauen, ließ er die Überreste abbrechen und die Steine zur Ausbesserung anderer Bauten abtransportieren.
Da die Menschen dennoch weiter zum Gregoriusstein zogen, sollte an der alten Stelle wieder eine Kirche entstehen. Ein erster Anlauf wurde 1631 durch den Einfall der Schweden vereitelt, ein zweiter durch den Dreißigjährigen Krieg. 1651 wurde wieder eine Wallfahrtskapelle aus Holz errichtet, und der Zulauf war enorm: An manchen Tagen sollen drei- bis viertausend Gläubige nach Fährbrück gekommen sein, sodass bereits 1653 die Kirche um das Doppelte erweitert werden musste.
Das Wunder von Fährbrück
Zur Betreuujng der Pilgerscharen rief man im selben Jahr die Karmeliten nach Fährbrück; sie sorgten mit der Errichtung einer Skapulierbruderschaft dafür, dass die Wallfahrt zunehmend einen marianischen Charakter annahm. Dem nur zuträglich war auch das „Wunder von Fährbrück", von dem der Dominikaner und Hausener Pfarrer Alberti Gelenus berichtet: So seien zu einem Ablassfest anlässlich der Errichtung der Skapulierbruderschaft am 23. Juli 1656 rund 8000 Menschen nach Fährbrück gekommen. Unter ihnen befand sich auch der 18-jährige Thomas Flurcher aus der Steiermark, der lahm war und sich nur auf Händen und Knien fortbewegen konnte. Nachdem er am Ablasstag um gerade Beine gebeten hatte, soll er 14 Tage später die Krücken abgelegt haben und schließlich ohne jede Hilfe und aufrecht gelaufen sein.
Daraufhin erlebte Fährbrück einen derartigen Ansturm, dass Fürstbischof Johann Gottfried von Guttenberg voll Freude nach Rom meldete, dass die Wallfahrt „unter allen Gnadenorten des Fürstbistums den dritten, unter den Marienwallfahrten gar den zweiten Rang" einnehme. Die zu klein gewordene Kirche ließ er abreißen und zwischen 1685 und 1697 eine stattliche frühbarocke Kirche von Antonio Petrini erbauen.
Nachdem die Karmeliten 1765 abberufen worden waren, versorgte zunächst der Hausener Pfarrer die Wallfahrt. 1867 wurde sie den Redemptoristen aus Gars am Inn übertragen, die aber bereits 1873 in Folge des Kulturkampfes vertrieben wurden. 1880 übernahmen schließlich die Augustiner das Kloster. Zunächst Filiale des Augustinerklosters Münnerstadt, wurde die Gründung 1891 offiziell als eigenständig bestätigt. Im August 2023 verließen die Augustiner Fährbrück und lösten das Kloster auf. Seit 1. September 2023 ist Pater Matthäus Klein Rector ecclesiae für die Wallfahrtskirche Fährbrück und Mitarbeitender Priester für den Pastoralen Raum Bergtheim-Fährbück. Wohnort ist das Augustinerkloster Würzburg,
