Die Geschicke des nur zwei Kilometer von Amorbach entfernt gelegenen Ortes Schneeberg sind eng mit dem Benediktinerkloster verwoben, das dort um das Jahr 734 gegründet wurde. Dem Klosterbau folgten schon bald die ersten Herrschaftshöfe mit Bauerngütern, die dem Kloster Amorbach zugeordnet waren; auch Schneeberg war ein solches Klosterdorf. Die erste eigene Kirche ist in Schneeberg ab 1445 bezeugt und war der hl. Jungfrau Maria geweiht. Das dortige Madonnenbildnis zog schon bald Wallfahrer an, so dass sich Bischof Rudolf von Scherenberg, ein aufmerksamer Beobachter der vielerorts übersteigerten Marienverehrung, veranlasst sah, die neue Wallfahrt überprüfen zu lassen. Doch der Verdacht erwies sich als unbegründet: Scherenberg attestierte, dass die Wallfahrt „aus zuverlässigem, gutem und rechtem Grunde" hervorgeht und verlieh Schneeberg 1470 einen Ablass. Dieser Ablass ist zugleich die erste schriftliche Erwähnung der Schneeberger Wallfahrt.
Bereits 1474 konnte ein Kirchenneubau im spätgotischen Stil errichtet werden. Besonders verdient machte sich dabei der Amtmann Engelhart von Berlichingen, der in einem Kollektenbrief vom 8. Juni 1473 von allen Ständen Spenden für den Bau erbat. Geweiht wurde die neue Kirche am Fest Mariä Opferung 1476 durch den Würzburger Weihbischof Johannes Hutter.
In der Folgezeit nahm die Wallfahrt immer weitere Ausmaße an. Nicht nur aus der Umgebung und dem Maintal, selbst vom Rhein her pilgerten Marienverehrer zur „Muttergottes auf dem Holderstock". Sieben Marienfeste wurden begangen, besonders groß war der Zustrom an Mariä Geburt und Mariä Opferung – auch bedingt durch einen päpstlichen Ablass von 1511. 1521 erbaute man an der Südseite der Kirche eine eigene Gnadenkapelle. Dabei bezog man vermutlich auch einen Holunderstock an der Kirchenaußenmauer ein, der zum Namensgeber der „Muttergottes auf dem Holderstock" wurde: So soll die Figur zunächst auf dem Hochaltar der neu erbauten Kirche gestanden haben. Als das Bildnis jedoch allmorgendlich in den Holunderstock zurückkehrte, in dem es einst gefunden wurde, erbaute man die Gnadenkapelle.
Nicht einmal Reformation und Dreißigjähriger Krieg konnten der Schneeberger Wallfahrt etwas anhaben. Im Gegenteil: Berichte von Mirakeln und Gebetserhörungen fachten das Interesse weiter an. Nach jahrhundertelanger Zugehörigkeit zur Benediktinerabtei Amorbach wurde Schneeberg 1688 selbständige Pfarrei. 1718 erhielt die Kirche mit der Erweiterung des Langhauses und 1757 mit Erhöhung von Chorgewölbe und Chorbogen ihre heutige Form. Gegen Ende des 18. Jahrhunderts war der Zustrom so gewaltig, dass an bedeutenden Wallfahrtstagen bis zu tausend Kommunionen ausgeteilt wurden. 1931 wurde die Kirche grundlegend vergrößert, indem man ein parallel gelagertes Kirchenschiff an der nördlichen Seite anbaute.
Während des Zweiten Weltkrieges gelobten die Schneeberger der Gnadenmutter, die beiden uralten Wallfahrtstage, Mariä Geburt (8.September) und Mariä Opferung (21. November), als Hochfeste (Gelobte Feiertage) zu begehen, falls sie durch den Schutz der Gottesmutter vor Kriegsschäden verschont blieben. Die Schneeberger wurden erhört: Als nämlich am Karfreitag, dem 30. März 1945, die amerikanischen Panzer in Amorbach anrollten, sprengte ein Pionierkommando die untere Dorfbrücke, wodurch zwar die benachbarten Häuser schwer beschädigt wurden, die Statue der Muttergottes neben der Brücke aber unversehrt blieb.