Die Anfänge der Miltenberger Stadtpfarrkirche St. Jakobus d. Ä. stammen vom Ende des 14. Jahrhunderts, als an Stelle eines Vorgängerbaus ein größerer dreischiffiger Bau errichtet wurde. In Richtung Marktplatz an der Südseite des Chores entstand ein mächtiger Turm. Um 1380/90 erfolgten mehrere Altarstiftungen. Der 1478 in Miltenberg geborene Humanist Johannes Butzbach spricht in seinem Wanderbüchlein von einer großen, prächtigen, auf schlanken Säulen ruhenden Stiftskirche. 1782 wurde die Kirche für teilweise baufällig erklärt und es wurden verschiedene Veränderungen vorgenommen. In den Jahren 1829 bis 1831 entstanden auch die beiden das Stadtbild prägenden Osttürme.
Die häufigen Umbauten trugen aber nicht gerade zu einem harmonischen Gesamteindruck bei. Ein erster Schritt in die richtige Richtung wurde 1959 mit der Neugestaltung des Kirchenraumes nach Plänen des Würzburger Dombaumeisters Hans Schädel getan. Ihr jetziges Gesicht hat die Kirche bei der Neugestaltung durch Domkapitular Dr. Jürgen Lenssen erhalten.
Beim Betreten der Kirche trifft der Besucher zunächst auf den Taufort. Hier fasst ein großer Radleuchter einen imaginären Raum, in dessen Zentrum sich ein Sandstein-Muschelbecken von Michael Juncker aus dem Jahr 1608 befindet. Aus dem dunklen Kirchenschiff geht der Blick nach vorne in den lichten Altarraum, der von einem immensen farbdurchstrahlten Altarretabel von Clemens Kaletsch (2004) beherrscht wird. Der klappbare Flügelaltar zeigt auf der geöffneten Feiertagsseite die in den Evangelien überlieferten Geschichten und Szenen über den Kirchenpatron Jakobus. Die geschlossene Werktagsseite illustriert skizzenhaft bis visionär den menschlichen Lebensweg unter der Begleitung Gottes.
Hervorzuheben ist das frei über dem Zelebrationsaltar schwebende spätgotische Triumphbogenkreuz aus der Zeit um 1400. Am Ostende des nördlichen Seitenschiffes befindet sich außerdem eine etwa auf die Zeit um 1400 zurückreichende Dreikönigsgruppe (Meister Hermann der Steinmetz), die ursprünglich am Außenbau der abgebrochenen Staffelkapelle angebracht war. Einen längeren Blick sollte man auch auf die Kanzel von Zacharias Juncker d.Ä. (1635) werfen; sie zeigt auf dem Korpus die Passion Christi sowie am Pfeiler die vier Kirchenväter Gregor, Ambrosius, Augustinus und Hieronymus. Ein beachtenswertes Detail, das einen schönen Bogen zum hl. Jakobus als Patron der Pilger spannt, sind die zwischen den Kreuzwegstationen eingelassenen Originalsteine von Pilgerzielen wie dem See Genezareth, dem Berg Tabor oder der Kathedrale von Santiago de Compostela.
Auch die beiden Kapellenräume im rückwärtigen Teil der Kirche wurden im Zuge der letzten Neugestaltung verändert. Im nördlichen Teil befindet sich eine eigens für die Staffelmadonna gestaltete Andachtskapelle. Das Gnadenbild, eine hoheitsvoll wirkende Madonna mit Kind, stammt aus der Zeit um 1400. Neben zahlreichen Wunderberichten erzählt man sich, dass plündernde schwedische Soldaten die Figur einst in den Main geworfen hätten; wider Erwarten sei sie aber nicht fortgetrieben, sondern an einer Stelle geblieben, bis sie von einem Fischer geborgen wurde.
Auf der gegenüberliegenden südlichen Seite liegt die Beichtkapelle mit einem eindrucksvollen lebensgroßen Standkruzifix aus rotem Sandstein, das ursprünglich auch in der Staffelkapelle stand. Es wurde 1527 geschaffen und stammt aus dem Kreis des Mainzer Bildhauers Hans Backoffen. In der Kapelle steht auch der prächtige Alabasteraltar von Hans Juncker (1624), der sieben Szenen aus dem Leben Mariens ins Bild setzt.