Da Windheim von 1300 bis 1809 zum Besitz der Deutschordens-Kommende Münnerstadt gehörte, versahen die Münnerstädter Augustinereremiten die Seelsorge; vermutlich führten sie auch die Wallfahrt ein. Hauptfeste waren Mariä Geburt und das Fest der Sieben Schmerzen Mariens. Ihren vermutlich einzigen Höhepunkt erreichte die Wallfahrt im 18. Jahrhundert: So erwirkte 1754 Freiherr von Andlau einen vollkommenen Ablass für das Fest Mariä Geburt. Der Zulauf war nicht zuletzt aus diesem Grund kurzzeitig so groß, dass zuweilen vier Beichtväter anwesend sein mussten. Dabei sammelte sich nebenbei ein beträchtliches Vermögen in der Kirchenkasse an. Dennoch kam die Wallfahrt 1809 zum Erliegen.

Das Gnadenbild stammt aus der Zeit zwischen 1300 und 1350. Die gefasste Holzfigur zeigt eine thronende Muttergottes mit Jesuskind und Zepter. Mutter und Kind tragen barocke, vergoldete Holzkronen; das Haupt Mariens ist  von einem Kranz aus zwölf Sternen umgeben. Nach 1820 befand sich das mit einfachen Schleiern bekleidete Gnadenbild an der rechten Langhauswand in einem verglasten Holzschrein. Jetzt hat es seinen Platz am rechten Seitenaltar in einem neobarocken Tabernakel mit der Aufschrift „Maria Hilf". Mehrere Votivtafeln zeugen von Gebetserhörungen aus jüngerer Zeit.

Neben dem viersäuligen Hochaltar mit der Kreuzigung Jesu fallen vor allem die zahlreichen Heiligenfiguren im gesamten Kirchenraum auf, darunter Valentin als Patron der Liebenden, Wendelin als Patron der Bauern und des Viehs, Elisabeth von Thüringen, der Frankenpatron Kilian und der heilige Josef. Beachtenswert ist auch die Kanzel mit Büsten der vier Erdteile Europa, Asien, Afrika und Amerika aus dem Jahr 1825.