Schon die Bibel berichtet von Tempelwallfahrten der Juden etwa zum Laubhüttenfest. Auch Jesus selbst ist als 12jähriger mit seinen Eltern zum Tempel nach Jerusalem gelaufen und hat dort erstmals die Schriftgelehrten mit seinem Wissen und Verständnis verblüfft. (Lk 2,41–52)
In der Zeit nach 313 wurden die Gräber der Apostel, vor allem in Rom und Jerusalem, zu gern besuchten Zielen christlicher Pilger. Die wohl bekannteste Wallfahrt der christlichen Frühzeit führte die Kaisermutter Helena ins Heilige Land. Sie fand dort das Kreuz, an dem Jesus gestorben war. 326 wird in Jerusalem der erste christliche Kirchenbau errichtet, die Grabeskirche, die viele christliche Pilger die beschwerliche Reise ins Heilige Land unternehmen lässt.
Die ersten großen Wallfahrtsstätten in Deutschland, Köln, Trier und Aachen, entstanden im Mittelalter. Dort und an anderen weniger bedeutenden Wallfahrtsorten wie in Nürnberg, Bamberg oder Fulda standen Reliquien von Heiligen oder Heiligtümer wie der Heilige Rock (Trier) oder das Gewand Mariens (Aachen) im Mittelpunkt der Verehrung.
In Würzburg entstand die Wallfahrt zu den Häuptern der drei Frankenapostel Kilian, Kolonat und Totnan. Der Brauch, dass Pfarreien aus dem ganzen Bistum in Prozessionen alljährlich das Grab der Märtyrer besuchten, wurde 1127 unter Bischof Embricho auf acht Tage ausgedehnt. Die Kiliani-Oktav wird noch heute eine Woche Anfang Juli begangen und zog im Jahr 2007 rund 17 000 Gläubige aus dem gesamten Bistum in die Mainfrankenmetropole.
Im Spätmittelalter kamen die Wallfahrten zu Bildern und Kreuzen auf. Die Wallfahrt zum Kreuzberg in der Rhön, dem Heiligen Berg der Franken, stellt die älteste fränkische Kreuzwallfahrt dar. Noch heute ziehen rund 80 Gruppen auf den Heiligen Berg der Franken, unter anderem aus Würzburg, Ochsenfurt oder Gemünden.
Die Reformationszeit sorgte für einen Niedergang der Wallfahrten, doch in der Zeit der Gegenreformation und insbesondere des Barocks blühte das Wallfahrtswesen umso mehr wieder auf. Fürstbischof Julius Echter von Mespelbrunn war es zu verdanken, dass alte Wallfahrtsstätten neu erstanden wie beispielsweise Dettelbach, wo er eine prächtige Kirche errichten ließ, oder den Kreuzberg, wo das Kloster als Außenstelle der Dettelbacher Franziskaner gebaut wurde. In Dettelbach steht auch das älteste Gnadenbild Mainfrankens, das Maria als Pieta, also mit dem sterbenden Jesus auf dem Schoß, zeigt. Diese Mariendarstellung hat sich in der Folgezeit als Motiv für zahllose Bildstöcke und Gnadenbilder im Bistum Würzburg durchgesetzt.
Es war vor allem die Zeit des Barock und Rokoko, in der das Frankenland zum Marienland wurde. Bildstöcke, Hausmadonnen, Marienaltäre und Marienkirchen belegen die große Verehrung der Gottesmutter. Das erste Marienpatrozinium in Franken datiert allerdings bereits auf das Jahr 706. Die Festungskirche hoch über Würzburg wurde der Gottesmutter geweiht, die gesamte Anlage trägt bis heute ihren Namen: Marienfeste oder Festung Marienberg.
Neben dem Vesperbild der schmerzhaften Muttergottes entstand im 14. und 15, Jahrhundert ein weiteres, sehr beliebtes Marienbildnis: die stehende oder thronende Maria, meist mit dem Jesuskind auf dem Arm. Sie wird als „Patrona Franconiae" quasi wie eine Landesmutter verehrt und findet sich heute in vielen Wallfahrtkirchen wie z.B. in Retzbach oder Kälberau.
In der Zeit der Aufklärung im 18. und 19. Jahrhundert gerieten Wallfahrten immer mehr in Misskredit. Vielfach wurde die in den Gnadenstätten praktizierte Volksfrömmigkeit als Aberglauben abgetan, Votivtafeln wurden vernichtet, Krippen und Heilig-Grab-Darstellungen beseitigt. Die Kirche versuchte vor allem, Missstände zu beseitigen und das Kirchenvolk zu einer vernunftbetonten Gläubigkeit anzuleiten. Fürstbischof Franz Ludwig von Erthal unterband per Dekret beispielsweise den Verkauf von unerlaubten Gebetbüchern oder falschen Kalendern mit den seinerzeit abgeschafften Feiertagen.
Der Kirchenkampf im Dritten Rech ging auch an den Wallfahrtsorten nicht spurlos vorüber, 1942 wurden Wallfahrten generell verboten. Um so beliebter waren sie nach dem Krieg. Mit dem wirtschaftlichen Aufschwung ließ jedoch das Interesse an der Wallfahrt immer mehr nach. Den Höhepunkt des Desinteresses gab es in der Zeit der Studentenrevolution um das 1968. Doch in den letzten drei Jahrzehnten erlebten Pilgerreisen und Wallfahrten wieder einen beträchtlichen Aufschwung.